脫除智慧齒只屬小型手術，可是任何手術，也有其不同程度的風險，而醫生最普遍擔憂的，是可能引致神經線創傷，後果是令到手術一邊的舌頭或嘴唇麻痺。由於每一位病人的智慧齒都會處於顎骨不同位置，所牽涉的風險也相應不同，因此病人應向醫生查詢自己的個人情況。

雖然脫除智慧齒手術屬於小型手術，可是在某些長期患者身上，治療前或許有需要調校藥物 (如長期服用類固醇的病人) 或安排服用抗生素(如風濕性心臟病)，以確保該病人的安全。因此，病人應注意：必須將自己的病歷(包括所患疾病及定期服食之藥物)告訴醫生，切勿隱瞞。